Kare-karets ursprung är omtvistat med flera konkurrerande teorier. Den vanligast återberättade är att rätten skapades av indiska Sepoy-soldater indiska infanterister under brittiskt befäl som bosatte sig på Filippinerna efter det brittiska ockupationen av Manila 1762-1764. De ska ha improviserat fram en version av sin hemmacurry med lokala ingredienser: jordnötter och annatto ersatte kryddorna, carabao och get ersatte lammet. Deras version kallas kari-kaari och anses av många vara roten till dagens kare-kare.
En annan stark teori kopplar rätten till Kapampangan-kulturen i provinsen Pampanga på centrala Luzon som allmänt betraktas som Filippinernas kulinariska huvudstad. Kapampanganerna hävdar att rätten har rötter i en äldre maträtt kallad kari, ursprungligen utvecklad av Moro-folket i södra Filippinerna, med likheter till sydostasiatisk fiskkarry. Kapampanganerna ska ha tagit bort fisken och anpassat rätten med lokala smaker. Tagalog-folket har i sin tur en parallell tradition av egna kare-kare-versioner, och debatten om vem som "uppfann" rätten lever ännu.
Ordet kare anses komma från det tamilska ordet för sås, karisamma rot som "curry". Men rätten är genuint filippinsk: jordnötterna, annatto-färgen och de specifika grönsakerna sitaw, talong, pechay är alla lokala signaturer utan motsvarighet i det indiska originalets kryddvärld. Oxsvansen som primärt kött kombinerar pre-kolonial filosofi (inget slösas bort) med spanskt inflytande: nötkreatur introducerades av spanjorerna efter 1565.
I dag är kare-kare Filippinernas festrätt ett matlagningsprojekt som kräver tid och omsorg och som tillagas med stolthet vid karaoke-kvällar, fiestor och söndagsmiddagar. Det pågår en livlig debatt om vilka grönsaker som hör hemma i den "äkta" versionen en debatt som speglar filippinsk kulinarisk stolthet: det finns lika många definitioner av kare-kare som det finns filippinska familjer.