Tom Yum Goong är djupt rotad i de buddhistiska flodbanksamhällena längs Chao Phraya-floden i centrala Thailand. Dessa samhällen undvek traditionellt att döda stora djur och förlitade sig i stället på de naturligt rikliga sötvattensräkorna i floden. Kombinationen av lokal kunskap om medicinska och aromatiska örter med det lättillgängliga proteinet lade grunden för soppan.
Det äldsta skriftliga belägget för en tom yum-soppa dateras till 1888 och avser en variant med snakehead-fisk (ต้มยำปลาช่อน). Det första skriftliga omnämnandet av räkor i en tom yum-kontext återfinns i en matordbok från 1897 skriven av en amerikansk missionär, i ett recept kallat tom yum goong song khrueng tom yum med räkor och extra tillbehör. Under kung Rama V:s (Chulalongkorn, 1853-1910) tid var rätten del av det kungliga köket.
Den moderna versionen av Tom Yum Goong, närmast identisk med det som lagas idag, dokumenterades officiellt 1964 i kokboken Kunglig mat (Food of the Royal), skriven av M.R. Kitinadda Kitiyakara, en nära anhörig till drottning Sirikit. Rätten fick bred folklig spridning under den ekonomiska tillväxten efter andra världskriget, när urbanisering och gatukökskultur expanderade kraftigt i Bangkok och andra städer.
I december 2024 inskrevs Tom Yum Kung officiellt på UNESCOs representativa lista över mänsklighetens immateriella kulturarv det första thailändska livsmedlet att uppnå denna status. UNESCO betonar att rätten representerar en komplex kunskapsöverföring om medicinska örter, hållbar resursanvändning och gemensam matlagningspraktik som förts vidare muntligt i generationer. Inget enskilt kök eller enskild person kan anses som upphovsman rätten är ett kollektivt arv från hela centrala Thailand.